Wersja mugena w zasadzie ma niewielkie znaczenie- najbardziej na grywalność wpływają
Najpopularniejszy mugen to "Naruto Battle Arena 2". Ma ładne animowane menu. Niestety, także mało slotów (miejsc) na postacie. Są też chyba trochę gorsze wersje "NBA 1" i "Naruto M.U.G.E.N.". Ja osobiście polecam "Naruto: The way of ninja", w którym grafika wydaje się być jakby lepsza... Jest też świetny "Naruto Hurricane Mugen" z potimeskipowymi postaciami, z kiepską grafiką, ale bardzo dobrze dopracowane. No i tu nie możesz niczego zmieniać- mugen jest w postaci jednego pliku .exe . Jest to wersja demo zawierająca postaci Naruto, Sasuke, Saia, Deidary, Kakashiego, Gaary, Shikamaru i Asumy, ale pełnej wersji od miesięcy ani widu, ani słychu. Okno powiększasz Alt+Enter!
Z ciekawości można też ściągnąc "Raruto", wersję mugena do hiszpańskojęzycznej parodii, której można poszukać sobie na YouTube.
Jeśli masz dużo postaci, albo np. jesteś fanem DB, możesz ściągnąć zupełnie inną wersję mugena, które zazwyczaj mają gigantyczną ilość slotów i różne wersje interface'u.